1.首先从开发方面：
原生开发的App
每一种移动操作系统都需要独立的开发项目
每种平台都需要独立的开发语言。Java(Android), Objective-C(iOS)以及Visual C++(Windows Mobile)等等
需要使用各自的软件开发包，开发工具以及各自的控件
我们做的手机网站打包的APP
从原生演变过来的通过APP嵌入网站来是实现的，这种应用可以使用HTML5,CSS3以及JavaScript以及服务器端语言来完成（PHP,Ruby on Rails,Python）
2.APP性能方面：
原生App
能够与移动硬件设备的底层功能，比如个人信息，摄像头以及重力加速器等等
网站制作的App
只能使用有限的移动硬件设备功能。
3.APP数据获取方法：
原生App
直接下载到设备
以独立的应用程序运行(并不需要浏览器)
用户必须手动去下载并安装这些原生App
网站封装的APP
从移动设备上的浏览器访问
不需要安装额外的软件
软件更新只需要服务器更新就够了
4.原生开发的APP和网站生成的APP优缺点对比：
原生开发App优缺点：
比网站生成的Web App运行快
开发成本高，尤其是当需要多种移动设备来测试时
因为是不同的开发语言，所以开发，维护成本也高
因为用户使用的App版本不同，所以你维护起来很困难
网站生成App优缺点：
无法使用很多移动硬件设备的独特功能同时支持多种移动设备，大大降低开发成本
需要手机网站反应速度要快，用好的服务器，否则打开会慢
最后结论：选择哪种根据你的客户需求和你的预算来决定的，如果预算小就选择网站打包生成的web app ,如果想要功能多，性能好那么就是原生开发。
为什么不推荐用原生的方式去生成苹果app?
众所周知，苹果的APP开发是需要基于MAC环境的，而我们很多的开发者并没有这样的条件，如果单单为发布一款app就去买一台价格昂贵的MAC那成本就太高了！
就算你有一台MAC，也有能力自己开发出一款基于网页的IOS应用，那你发布时又遇到了难题：发布的门槛太高！
体现在以下几个方面：
1、appstore是所有APP下载安装的唯一合法正确渠道。你必须申请一个苹果开发者账号做苹果签名才可以上传发布应用到appstore，账号是按年付费，99美金一年！
2、你的资料必须完全合规，否则会不断的重复复杂而繁琐的修改过程！
3、如果你的app涉及到灰色内容，将不可能被允许上架！此路不通！有企业签名，超级签名，TF签名也不行。
4、如果你的app只是h5的内核，套的app的外壳，抱歉，被拒的可能性80%！
面对这样繁琐，不通情面的上架appstore的过程，有很多人用到的对策就是购买企业签名)，对APP进行打包，生成企业测试版的APP,这种APP不必上架appstore,可以直接安装，但是受限于安装数量和内容，并且需要手动设置信任才可以打开。如果被举报投诉太大，企业签名会失效，所有已安装的app会全部挂掉，
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